هرچند سوال اساسی در این موضوع متوجه خود رئیس‌جمهور است که چرا اجازه داده‌اید در بودجه کل کشور حرکت‌های مخفی وجود داشته باشد و چرا برای شفاف‌سازی خود شما پیشقدم نمی‌شوید؟ ولی از آنجا که بعضی امور از اختیار رئیس‌جمهور خارج است، انتظار چندانی از وی برای پاسخ دادن به این سوال‌ها نباید داشت. یک نمونه، نهادهای پرتعدادی هستند که در حوزه‌های علمیه در سال‌های بعد از انقلاب اسلامی سر برآورده‌اند و هرکدام یا ردیف دارند و یا زیرمجموعه ردیف‌های دیگر هستند. چه بسا وجود این نهادهای فرهنگی، آموزشی و پژوهشی لازم باشد ولی نکته مهم اینست که حوزه‌های علمیه با تمام اجزاء و زیرمجموعه‌هایشان نباید به دولت وابسته باشند. تاکید مکرر امام ‌خمینی و مراجع تقلید بر ضرورت استقلال حوزه‌های علمیه به همین نکته نظر دارد. تردیدی نیست که حوزه علمیه و نهادهای مرتبط با آن فقط در صورتی می‌توانند استقلال خود را حفظ کنند که با بودجه خودشان که داوطلبانه توسط مردم تامین می‌شود ارتزاق کنند و بودجه دولتی، آنها را وابسته، تابع و قابل انعطاف و تغییر در برابر سیاست‌های دولت و حاکمیت بار می‌آورد و این خطر بزرگی برای رجال دین است. خطر بزرگ‌تر اینست که با وابسته شدن حوزه‌های علمیه به بودجه‌های دولتی، ارتباط مردم با حوزه‌ها به‌تدریج قطع می‌شود و روزی فرا خواهد رسید که مردم احساس می‌کنند ضرورتی ندارد به حوزه‌های علمیه و نهادهای دینی کمک مالی کنند. در چنان وضعیتی پشتوانه مردمی هزارساله حوزه‌های علمیه از بین می‌رود و نهاد مهمی که در طول قرون به دلیل رابطه تنگاتنگ با مردم توانست مستقل بماند و صراط مستقیم دین را طی کند و آن را به نسل‌های بعدی منتقل نماید و با تکیه بر استقلال خود توانست با قدرت‌های ظالم و حاکمیت‌های طاغی مقابله کند، فلسفه وجودی خود را از دست می‌دهد. هم‌اکنون هرچند ممکن است افراد و نهادهایی در حوزه‌های علمیه از اینکه از پستان دولت و حاکمیت ارتزاق می‌کنند خشنود باشند ولی اگر آینده‌نگر باشند و به پشتوانه هزارساله خود نگاه کنند، به این نتیجه خواهند رسید که راه درستی را در پیش نگرفته‌اند و هرچه این راه را بیشتر ادامه دهند بیشتر به خود و نهادهای دینی لطمه وارد خواهند کرد. در خارج از حوزه‌های علمیه نیز موسسات و نهادهایی وجود دارند که یا ضرورتی برای ادامه کار آنها نیست و یا می‌توانند بودجه‌های فعلی را به نصف یا کمتر از نصف تقلیل دهند تا با این صرفه‌جویی‌ها مشکلات عمومی، مسائل معیشتی و نیازهای فوری و ضروری جامعه حل شود. حادثه‌ آتش‌سوزی در یک مدرسه زاهدان و جان باختن چهار دانش‌آموز در آن حادثه، در آستانه ارائه بودجه کل کشور به مجلس این هشدار را باید با خود داشته باشد که دولت و نمایندگان مجلس قبول کنند که اختصاص بودجه به بسیاری از موارد غیرضروری در شرایطی که بسیاری از دبستان‌ها فاقد امکانات اولیه هستند و حتی در بسیاری از نقاط محروم مدرسه و کلاس وجود ندارد، یک گناه نابخشودنی است. نمایندگان مجلس، از فرصتی که دارند برای جلوگیری از حرکت‌های مخفی در بودجه استفاده کنند و گام اول را برای شفاف‌سازی بردارند و ثابت کنند که نمایندگان واقعی مردم هستند.